教育背景 Education

• 博士，香港大学，科学计算，2007年
  PhD, Scientific Computing, University of Hong Kong, 2007

研究方向及领域 Research Interests

• 科学计算 Scientific Computing

• 数据科学Data Science

• 生物信息学 Bioinformatics

工作经历 Work Experience

• 复旦大学数学科学学院教授，2017年12月 - 至今

  Professor, School of Mathematical Sciences, Fudan University, 2017.12 - present  

• 复旦大学数学科学学院副教授，2009年12月 - 2017年11月

  Associate Professor, School of Mathematical Sciences, Fudan University, 2009.12 - 2017.11  

• 复旦大学数学科学学院讲师，2007年09月 - 2009年11月

  Lecturer, School of Mathematical Sciences, Fudan University, 2007.09 - 2009.11  

• 耶鲁大学公共卫生学院生物统计系，访问副教授，2010年09月 - 2011年12月

  Visiting Associate Professor, Department of Biostatistics, Yale School of Public Health, 2010.09 - 2011.12

主讲课程 Teaching

• 《统计中的计算方法》；《统计方法选讲（统计学习内容）》；《线性代数》等

科研项目 Projects

• 异质性数据整合的数学方法及在生物数据中的应用（23JC1401000），上海市科委“科技创新行动计划”，2023年12月 - 2026年11月

代表论著 Selected Publications

1. Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign, Nature Communications, Accepted, 2024.

2. BLTSA: pseudotime prediction for single cells by branched local tangent space alignment, Bioinformatics, 2023.1.

3. AC-PCoA: Adjustment for confounding factors using principal coordinate analysis, PLoS Computational Biology, 2022.7.

4. CALLR: a semi-supervised cell-type annotation method for single-cell RNA sequencing data, Bioinformatics (ISMB/ECCB), 2021.7.

5. Penalized regression-based bicluster localization, Pattern Recognition, 2021.4.