张淑芹

教授

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教育背景

  • 博士,香港大学,2007.8,科学计算

研究方向/领域

  • 科学计算、数据科学、生物信息学

主讲课程

  • 统计中的计算方法、统计方法选讲(统计学习内容)、线性代数等

工作经历

  • 2017.12-至今,复旦大学数学科学学院,教授

  • 2009.12-2017.11,复旦大学数学科学学院,副教授

  • 2007.9-2009.11,复旦大学数学科学学院,讲师

  • 2010.9-2011.12,耶鲁大学公共卫生学院生物统计系,访问副教授

科研项目

  • 异质性数据整合的数学方法及在生物数据中的应用,上海市科委“科技创新行动计划”,2023.12-2026.11

代表论著

  1. Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign, Nature Communications, Accepted, 2024.

  2. BLTSA: pseudotime prediction for single cells by branched local tangent space alignment, Bioinformatics, 2023.1.

  3. AC-PCoA: Adjustment for confounding factors using principal coordinate analysis, PLoS Computational Biology, 2022.7.

  4. CALLR: a semi-supervised cell-type annotation method for single-cell RNA sequencing data, Bioinformatics (ISMB/ECCB), 2021.7.

  5. Penalized regression-based bicluster localization, Pattern Recognition, 2021.4.